Edo fue conquistada hace 20 años por los extraterrestres conocidos como «Amanto». Los samuráis, en ese entonces, se enfrentaron a ellos, perdiendo la guerra. Al tener el control de la Tierra, los Amanto prohibieron la portación de espadas llevando a los samuráis al borde de la extinción y de la marginalidad.
Gintoki Sakata, es un samurái con su propio bushido que realiza cualquier tipo de trabajos para poder sobrevivir en una época en la que los de su clase no son bienvenidos. Ayudado por un adolescente llamado Shinpachi Shimura, a quien conoció por inmiscuirlo en un ataque hacia un embajador Amanto; por una chica extraterrestre llamada Kagura, quien quiere cambiar su naturaleza asesina, y un animal extraño llamado Sadaharu, del que poco saben, forman la Yorozuya.
Deberán lidiar con múltiples antagonistas y camaradas, mientras Edo continúa siendo sometida por los Amanto.
